Az al-Shabab elsődleges célpontjai közé a Szomáliában működő kormány tartozik, valamint minden olyan katonai erő, melyek az országon belül tevékenykedik a stabil állam létrehozása érdekében.

Az al-Shabab alapítója és első vezetője Sheikh Adan Hashi Ayro volt, akit az amerikai katonai erők 2008-ban megöltek. A szervezet jelenlegi vezetője 2008 óta Ahmed Abdi Godane (más néven: Sheikh Mohamed Mukhtar Abdirahman, Ahmed Abdi aw-Mohamed vagy Abu Zubeyr). Godane az al-Shabab egyik kulcsfontosságú vezetője, akit az Amerikai Egyesült Államok terroristaként tart számon. 1977. július 10-én látta meg a napvilágot a Szomáliföldi Hargeisa városban. Godane ösztöndíjjal tanult Pakisztánban, alkalmanként Afganisztánba is elutazott, majd 2001-ben tért vissza Szomáliába. A hangfelvételek többségén ő nyilatkozik, ezeket a nyilatkozatokat megosztják a dzsihádista fórumokon. Meg nem erősített hírekszerint az Egyesült Arab Emirátusok Sharjah városában is van háza, ahol felesége és gyerekei élnek. Egy 2008-as beszédében megfogadta, hogy az általa vezetett al-Shabab közvetlen támadást fog végrehajtani az Egyesült Államok ellen.

Szintén kulcsfontosságú szerepet tölt be az al-Shabab életében a szervezet helyettes vezetője, a csoport egykori szóvivője, Sheikh Mukhtar Robow Ali (más néven: Abu Mansur). A szomáliai Baidoa városból származik. Neve szintén szerepel az amerikaiak terrorista listáján, ennek ellenére az ENSZ még nem regisztrálta őt, mint terrorista személyt. 1996-ban elsőként hozott létre katonai kiképzőtábort Szomáliában. 2000-ben csatlakozott Afganisztánban a tálibokhoz, ott kapott kiképzést,, jelenleg pedig ő a Bay és Bakool régiókban a parancsnok.

A terrorszervezet egyik rangidős vezetője Sheikh Hassan Dahir Aweys, aki korábban a Hizb al Islam csoportot vezette, amíg az 2010 decemberében be nem olvadt az al-Shabab szervezetébe. Az ENSZ és az amerikaiak terrorista listáján is szerepel 2001 óta. Az 1990-es években az Islamic Union katonai szárnyának volt a vezetője, mely 2000-ben szűnt meg működni és helyét az Iszlám Bíróságok Szövetsége csoport vette át.

Ibrahim Haji Jama Mead (más néven: Ibrahim al Afghani) az al-Shabaab rangidős vezetője, a terrorszervezet egyik alapítója, valamint a Shura Tanács tagja. Afghaniról kevés információ áll rendelkezésre. Meg nem erősített jelentések szerint 2011. június 23-án az amerikai fegyveres erők megölték, de pár hónappal később szemtanúk felismerték.

Fuad Mohamed Qalaf (más néven: Shongole) rangidős tagja az al-Shababnak. Szintén köze van a Shura Tanácshoz, és valószínűleg ő felel a Puntaföldön végrehajtott műveletekért. 1992-ben Svédországban kapott menedékjogot, de 2004-ben mégis visszatért Szomáliába, hogy az Iszlám Bíróságok Szövetsége (ICU) csoportban harcolhasson.